2007年8月，经江苏省科技厅批准，以淮阴师范学院为技术依托单位，我院、淮安市农业技术推广中心和江苏康特尔生物有限公司为合作单位，共同组建了江苏省环洪泽湖生态农业生物技术重点实验室，这是目前我国研究环洪泽湖生态农业的最高技术平台，同时也是我省首次在苏北地区批准建立的省级重点实验室。    实验室现有研究人员43名，其中教授（研究员）13名、副教授（副研究员）9名，具有博士学位的20名、硕士学位10名，博士、硕士研究生导师5名,指导研究生20余名。实验室设施条件较为优越，拥有激光共聚焦显微镜、全自动凯氏定氮仪、高效液相色谱仪、荧光显微镜等先进的大型仪器设备。
     实验室建设期间实行实验室主任负责制，在实验室主任的领导下，严格按照建设计划完成各项任务。学术委员会是实验室的最高学术组织，由国内外德高望重、学术成就突出的科学家组成。内部结构按主要研究任务设置，下设农业种质资源保护与创新研究室、农业优质高效安全生产技术研究室、无公害水产品养殖与加工研究室和农业资源综合利用与加工研究室。
     近年来，实验室组建单位能够结合环洪泽湖区域独特的生态环境特点，充分利用环湖区域农业资源丰富、特色鲜明的优势，致力于生态农业生物技术的研究与环湖生态农业基地建设工作，先后承担了国家自然科学基金、江苏省自然科学基金、江苏省高校高新技术产业发展等60余项国家级、省级课题，在农作物种质资源的创新与利用、新型生物农药筛选与研制、无公害优质（有机）粳米的产业化开发、特异生物资源的综合利用与加工等方面开展了许多卓有成效的工作，取得了大量的研究成果，产生了较大的经济效益、生态效益与社会效益，为农业生态环境保护、农业资源合理开发与利用、促进环洪泽湖区域经济的可持续发展作出了较大贡献。